Am 12. Mai 2021 entschied der Regierungsrat Basel-Stadt, bei der Verlegung und Weiterentwicklung des Hafenbahnhofs Kleinhüningen auf den Standort an der Südquaistrasse zu fokussieren. Damit wird die bislang angedachte Variante «Neuhausstrasse» depriorisiert und das TWW-Objekt 232 Badischer Bahnhof entlastet.
Der heutige Hafenbahnhof Kleinhüningen am Altrheinweg soll im Zuge der städtebaulichen Entwicklung am Klybeckquai verlegt werden, um Raum für Wohnen und Arbeiten sowie einen grosszügigen Park zu schaffen. Seit einiger Zeit wurden verschiedene Varianten diskutiert, um die Verlegung zu ermöglichen und gleichzeitig die Bedienung der Hafenanlagen mit der Bahn in guter Qualität zu erhalten. Beides ist der Basler Regierung sowie den Schweizerischen Rheinhäfen sehr wichtig.
Der Hafenbahnhof und das Gateway Basel Nord haben indes keine Berührungspunkte. Das Gateway wird ohne Nutzung des Hafenbahnhofs direkt von der Hauptstrecke Karlsruhe – Basel von Norden sowie von Süden her angefahren. Vorstau- bzw. Abstellfunktionen für das GBN werden im Badischen Rangierbahnhof liegen. Der Hafenbahnhof bedient die verbleibenden Terminals am Hafenbecken 1 und 2.
